Pierwsza wspólnota powstała w Kłodzku za sprawą o. Macieja Szczęsnego SJ, który pracę z młodzieżą podjął po studiach z teologii pastoralnej na Uniwersytecie Salezjańskim w Rzymie. On też przy wsparciu o. Jacka Bolewskiego SJ napisał trzyletni program dla małych grup.

Drugie środowisko, które przyczyniło się do powstania wspólnot, powstało w Krakowie, gdzie o. Andrzej Migacz SJ już od pewnego czasu wdrażał metodę wprowadzania ludzi młodych w modlitwę ignacjańską na kilkudniowych warsztatach (Szkoła Kontaktu z Bogiem). W środowisku krakowskim powstała nazwa ruchu.

Trzeci nurt współtworzący wspólnoty skupił się w jezuickiej parafii we Wrocławiu wokół o. Stanisława Tabisia SJ. On też wspólnie z o. Krzysztofem Bielem SJ napisał na kolejne lata formacji, program 10-dniowych rekolekcji wakacyjnych.

Obecnie sieć wspólnot MAGISowych wytworzyła już podstawy własnej pedagogiki, wskazując kierunki kształcenia oparte na duchowości ignacjańskiej skierowanej do młodych ludzi.

Wspólnoty MAGIS działają w Bytomiu, Czechowicach-Dziedzicach, Trójmieście, Gliwicach, Kłodzku, Krakowie, Nowym Sączu, Opolu, Piotrkowie Trybunalskim, Starej Wsi, Warszawie i we Wrocławiu.